Dechreuodd yr achos yn y Tymbl ym 1892, wedi i berchnogion y gwaith glo lleol gynnig tŷ, sef rhif 74, 'High Street', yn rhad ac am ddim i gynnal gwasanaethau crefyddol ynddo. Gyda'r brwdfrydedd yn tyfu o ran yr achos, penderfynwyd cael 'capel haiarn', a chafwyd tir yn rhan isaf 'High Street', Y Tymbl, gan yr Arglwydd Crawford ar brydles o 999 mlynedd. Yr oedd digon o le i adeiladu festri a fyddai'n dal oddeutu 200 i eistedd.
Cynyddodd yr eglwys yn gyflym rhwng y blynyddoedd 1898 a 1901, ac oherwydd hynny dechreuwyd siarad am adeiladu capel. Symudwyd y festri yn gorfforol yn nes i lawr, a phrynwyd hanner cyfer o dir i fod yn fynwent i'r eglwys gan y Parch. Richard Lloyd, Ficer Troedrhiw-yr-aur. Gorffennwyd y gwaith adeiladu ym 1900, ond ni agorwyd tan Tachwedd 1902.
Bu Tom Nefyn Williams yn weinidog ar y Capel yn ystod y 1920au. Sefydlwyd Capel M.C. Saesneg o'r enw St David's (Forward Movement) yn Y Tymbl ym 1907, gan adeiladu Neuadd gyfleus wrth i'r achos gynyddu. Bu'r ddau gapel dros rhai cyfnodau yn rhannu gweinidog, y Mans a chostau eraill. Caewyd Capel Ebenezer, Y Tymbl, ym 1996. Yr oedd y Capel yn rhan o Ddosbarth Llanddarog, yn Henaduriaeth De Myrddin.