Gweinidog gydag Eglwys Bresbyteraidd Cymru oedd y Parchedig William Owen Jones, a daeth i'r amlwg pan gododd anghydfod chwerw yng Nghapel Chatham Street, Lerpwl, rhyngddo a rhai o aelodau'r Eglwys, a hynny'n arwain at sefydlu Eglwys newydd, sef Eglwys Rydd y Cymry, ar droad yr ugeinfed ganrif.
Ganwyd William Owen Jones ar 7 Ebrill 1861 ym Mhenbryn, Chwilog, Eifionydd, yn fab i ffermwr, Richard Jones, a'i wraig Ellen Hughes. Cafodd ei addysg yn ysgolion Llanystumdwy, Holt a Chlynnog, ac aeth ymlaen i Goleg y Bala, Prifysgol Gogledd Cymru, Bangor, a Choleg Sant Ioan, Caergrawnt, lle yr enillodd radd mewn Athroniaeth yn 1890. Yn yr un flwyddyn, aeth yn weinidog gyda'r Methodistiaid Calfinaidd yn Waunfawr, Sir Gaernarfon, a symudodd i Chatham Street, Lerpwl, yn 1895, lle y datblygodd yn bregethwr o fri ac yn gyfrannwr erthyglau ysgolheigaidd i gylchgronau'r cyfnod. Priododd â Cheridwen Jones yn 1900.
Yn 1899, bu anghydfod rhyngddo â rhai o'r blaenoriaid ynglyn â disgyblu aelod, ac o ganlyniad i'r drwgdeimlad a gododd yn sgîl hynny cyhuddwyd ef yn bersonol o feddwdod ac anfoesoldeb. Gwadodd y cyhuddiadau yn ei erbyn ac er iddo gynnig ymddiswyddo fe'i diarddelwyd gan ei enwad yn 1900. Teimlai llawer ei fod wedi ei drin yn anghyfiawn, ond gwrthodwyd ei ap1/4l at y Gymdeithasfa yn 1901. Aeth i gyfraith ynglyn â'r mater a bu'n llwyddiannus mewn dau achos o enllib yn 1902. Tyfodd achos Chatham Street yn cause célèbre a amlygodd argyfwng yn arweinyddiaeth Methodistiaid Cymraeg Lerpwl. Yn 1901 sefydlodd ei gefnogwyr enwad newydd, sef Eglwys Rydd y Cymry, yn Hope Street, a derbyniodd ef wahoddiad i fod yn weinidog arnynt.
Cydsyniai'r enwad newydd ag egwyddorion Cyfundeb Eglwys Bresbyteraidd Cymru ond ymwrthododd â'r hyn a welai fel diffyg democratiaeth yr Hen Gorff. Erbyn 1904 yr oedd saith eglwys, pedwar capel a naw ysgol Sul wedi eu sefydlu ar hyd Glannau Merswy, ac fe gynyddodd yr aelodaeth o 450 i hyd at yn agos i 2,000. 'Roedd y bardd David Emrys James ('Dewi Emrys', 1881-1952) yn un o'r pedwar gweinidog. Symudodd W. O. Jones i Gapel Canning Street, ac ef oedd cychwynnydd a golygydd y cyfnodolyn Llais Rhyddid, a ymddangosodd yn fisol rhwng 1902 a 1912, ac yn chwarterol rhwng 1912 a 1920. Serch hynny, ni pherthynai i'r Eglwys Rydd unrhyw neilltuolrwydd diwinyddol, a byrhoedlog fu ei llwyddiant i ddenu aelodau newydd. Bychan o argraff a wnaeth yng Nghymru, ac yn 1920 daeth yn rhan o Gwrdd Chwarterol Annibynwyr Lerpwl, Manceinion a'r Cylch. Parhaodd W. O. Jones i fod yn weinidog yn Canning Street hyd at ei farwolaeth ar 14 Mai 1937.